Ко-инфекция между SARS-CoV-2 и други респираторни патогени

Източник: https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2764787?guestaccesskey=e450392d-b7ab-431e-a274-e6dc2f693ab5&utm_source=fbpage&utm_medium=social_jama&utm_term=3279497852&utm_campaign=article_alert&linkid=86620975&fbclid=iwar2k9pkdenaq2tkh77t3cruhg8cmnixfs6umhfvv1et-g9oeendigbi0eow&alert=article

Превод: Симона Стаменова

Към 3 април 2020 острият респираторен дистрест синдром от коронавирус 2 (SARS-CoV-2) е причина за 972 303 случая на коронавирусна инфекция (COVID-19) и 50 322 смъртни случая по целия свят.  Според ранните доклади от Китай ко-инфекцията с други респираторни патогени е рядка. Ако това е така, пациентите, които са позитивни за други патогени, е малко вероятно да имат SARS-CoV-2. Центровете за контол и превенция на заболяванията  одобряват тестване за други респираторни патогени, предполагайки, че доказването на друга инфекция подпомага оценката на пациенти с потенциален COVID-19 при липса на широко достъпни бързи тестове за SARS-CoV-2. С този документ ние съобщаваме за  степента на коинфекция между SARS-CoV-2 о други респираторни патогени в Северна Калифорния.

Методи. От 3 до 25 март 2020 са извършени real-time RT-PCR теста за SARS-CoV-2 и други респираторни патогени на смив от назофаринкс на симптоматични пациенти (с кашлица, треска, диспнея). Нашата лаборатория (Stanford Health Care) изследва проби от много места в Северна Калифорния. От някои места проби са изследвани едновременно за панел респираторни патогени, различни от SARS-CoV-2 (influenza A/B, adenovirus, parainfluenza 1-4, human metapneumovirus, rhinovirus/enterovirus, Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae). Включили сме само проби от места, които са тествани с този панел в допълнение за SARS-CoV-2.

Изчислихме съотношението на пробите, позитивни за SARS-CoV-2 и за други патогени, насложени към SARS-CoV-2 инфекцията. Изчислихме разликата в съотношенията с χ2 тестове с непрекъсната корекция (continuity correction) (праг на значимост Р<0.05). Изчислихме средната възраст на пациентите за всички подгрупи и сравнихме средните с двустранни t тестове. Анализите бяха проведени в R версия 3.6.0 (R Фондация за статистически изчисления).

Анализът беше извършен като оценка на качеството на нов диагностичен тест и проучването се счита за освободено от защита на участниците от Институционалния съвет за преглед на университета в Станфорд.

Резултати. Изучихме 1217 проби, изследвани за SARS-CoV-2 и други респираторни патогени от 1206 различни пациенти; 116 от 1217 проби (9.5%) са положителни за SARS-CoV-2 и 318  (26.1%) са положителни за 1 или повече патогени, различни от SARS-CoV-2. Таблица 1 представя демографските данни на пациентите и местоположението на тестовете, стратифицирани по наличието на  SARS-CoV-2 и патогени, различни от SARS-CoV-2.

От 116 положителни за SARS-CoV-2, 24 (20.7%) са положителни и за 1 или повече други патогени, сравнено с 294 от 1101 проби (26.7%) негативни за SARS-CoV-2 (Таблица 1) (разлика 6.0% [95%CI, -2.3% до 14,3%]). Най-често ко-инфекцията е с риновируси/ентеровируси (6.9%), RSV (5.2%) и не- SARS-CoV-2 коронавируси (4.3%) (таблица 2). Нито една от разликите в процентите на патогените, различни от SARS-CoV-2 между пробите положителни и отрицателни за SARS-CoV-2 са статистически значими при Р <0.05.

От 318 проби, положителни за 1 или повече не-SARS-CoV-2-патогени, 24 (7.5%) са били положителни и за SARS-CoV-2. Сред 899 проби, негативни за други патогени, 92 (10.2%) са положителни за SARS-CoV-2 (разлика 2.7% [95%CI, -1.0% до 6.4%]).

a сбора от реда (1207) е по-висок от общия брой пациенти (1206), защото 1 пациент е тестван два пъти с 11 дена разлика и с различен резултат за не-SARS-CoV-2 патогени, и той се появява в първите 2 колони
b Средната възраст и съотношението на жените са изчислени по отношение на отделните пациенти
с Съотношението на пробите, взети на различните места, са изчислени по отношение на броя на пробите
 d Обозначените пациенти са тествани в спешното отделение и преминали в амбулаторията от спешното отделение
a Положителен резултат за не-SARS-CoV-2 патогени може в някои случай да е изява на резидуален вирус при преминали инфекции, отколкото клинична ко-инфекция
b Никоя от разликите в съотношенията позитивни между пациенти, положителни и отрицателни за SARS-CoV-2 не е статистически достоверна при Р<0.50 (χ2 тестове с непрекъсната корекция).

Резултатите не са съществено променени при ограничаване на анализите до 1 проба от пациент (по подразбиране втора проба, когато резултатите са съмнителни): от 115 пациента, положителни за SARS-CoV-2, 23 (20.0%) са положителни за други патогени, сравнени с 292 от 1091 пациента (26.8%) отрицателни за SARS-CoV-2 (разлика 6,8% [95%CI, -1.5% до 15.0%]). От 315 пациента, положителни за други патогени, 23 (7.3%) са били положителни и за SARS-CoV-2, сравнено с 92 от 891 пациента (10.3%) отрицателни за други патогени (разлика 3,0% [95% CI, -0.7% до 6,7%]).

Пациентите с коинфекция не се различават значително по възраст (средно 46.9 години) от тези инфектирани само с SARS-CoV-2 (средно 51.1 години) (4.2 години разлика [95%CI, -4.8 до 13.2]).

Обсъждане. Тези резултати предполагат по-висока честота на ко-инфекция между SARS-CoV-2 и други респираторни патогени, които са доказани по-рано, без съществена разлика в съотношенията на SARS-CoV-2 инфекцията при пациенти с и без други патогени. Наличието на различен от SARS-CoV-2 патоген не отхвърля възможността пациента да има и SARS-CoV-2.

Проучването е ограничено до един регион. Поради ограничен брой тестове, рестрикция за неколкократно изследване на пробите и времепространствените вариации във вирусната епидемиология, анализът е ограничен в откриването на специфични модели на ко-инфекция с други патогени, което може потенциално да има прогностична стойност при SARS-CoV-2. Въпреки това тези резултати предполагат, че рутинното тестване за не- SARS-CoV-2 респираторни патогени по време на COVID-19 пандемията е малко вероятно да е от клинична полза, освен ако положителен резултат не би променил лечебния процес (напр. невраминидазни инхибитори при грип при подходящи пациенти).

David Kim, MD, PhD

James Quinn, MD, MS

Benjamin Pinsky, MD, PhD

Nigam H. Shah, MBBS, PhD

Ian Brown, MD, MS

Принадлежност на авторите: Department of Emergency Medicine, Stanford University School of Medicine, Stanford, California (Kim, Quinn, Brown); Department of Pathology and Medicine, Stanford University School of Medicine, Stanford, California (Pinsky); Department of Biomedical Data Science, Stanford University School of Medicine, Stanford, California (Shah).

Автор за кореспонденция: James Quinn, MD, MS, Department of Emergency Medicine, Stanford University School of Medicine, 300 Pasteur Dr, Alway Bldg M023, Stanford, CA 94305 (quinnj@stanford.edu).

Публикувано онлайн: April 15, 2020. doi:10.1001/jama.2020.6266

Конфликт на интереси: Няма докладвани.

1. Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Situation Report–74. World Health Organization. Published April 3, 2020. Accessed April 5, 2020. https://www. who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200403-sitrep74-covid-19-mp.pdf

2. Chen N, Zhou M, Dong X, et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020;395(10223):507-513. doi:10.1016/S0140- 6736(20)30211-7

3. Evaluating and Testing Persons for Coronavirus Disease. 2019 (COVID-19). Centers for Disease Control and Prevention. Published March 14, 2020. Accessed March 20, 2020. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/ clinical-criteria.html